Na chemii je zaměřen projekt , rozsáhlý seznam dostupného softwaru všech licencí najdete na stránce s názvem Linux4Chemistry.
Avogadro
Avogadro je propracovaný 3D editor molekul, který lze použít v chemii, biologii, bioinformatice a dalších disciplínách, v nichž je třeba molekulární modelování. Program je multiplatformní.
GPeriodic
Jednoduchá periodická tabulka prvků, která zobrazuje množství informací o vybraném prvku. Nemá další funkce.
JChemPaint
JChemPaint je prohlížeč a především editor dvourozměrných chemických strukturních vzorců (převážně pro organické sloučeniny) napsaný v jazyce Java, díky čemuž je multiplatformní a lze jej spouštět přímo z webového prohlížeče.
Kalzium
Kalzium je šikovným nástrojem pro studenty chemie, který jim bude dobrou pomocí při studiu a vypracovávání domácích prací. Poslouží jako periodická tabulka prvků, chemická kalkulačka, editor molekul, glosář pojmů z chemie, převaděč dat a to není vše.